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Puces à ADN et informatique : les prochains outils de la cancérologie

L'utilisation des puces à ADN connaît un essor croissant notamment dans le domaine de la cancérologie pour le typage des tumeurs d'après leur profil génétique. En combinant l'outil informatique à la technologie des puces à ADN, des chercheurs ont mis au point un système qui permet de classer et différencier des types tumoraux difficiles à distinguer par les méthodes usuelles. L'utilisation des puces à ADN (biochips, DNA-microarrays ou microarrays) comme outil diagnostique présente l'avantage de faire appel à de nombreux marqueurs : plusieurs milliers de gènes peuvent être criblés simultanément pour fournir une signature du type cellaire étudié. En considérant que chaque type tumoral présente une signature génétique "unique", ce système permet virtuellement de distinguer et classer tous les types de tumeurs. Cette possibilité a été étudiée par Khan et al. dans des travaux présentés dans l'édition de juin de Nature Medicine. Ces auteurs se sont intéressés à quatre types de tumeurs difficiles à distinguer par les méthodes histologiques de routine : neuroblastome, rhabdomyosarcome, lymphome non-Hodgkinien et tumeurs d'Ewing. Leur distinction est néanmoins cruciale en raison des options thérapeutiques différentes et des résultats différents que l'on peut attendre des solutions proposées. Pour cette étude, Khan et al. ont utilisé les puces à ADN pour suivre l'expression de plus de 6.000 gènes dans 88 échantillons. Un outil informatique dédié a permis de classifier ces tumeurs selon la signature moléculaire. Baptisé "réseaux neuronaux artificiels", ce système est un programme informatique qui peut être entrainé à reconnaître les différents profils d'expression. A chaque analyse, l'efficacité du système s'améliore. Le test final consistait à évaluer les performances du système dans un protocole en aveugle : 25 échantillons de type inconnu (et non-utiliséS pour le calibrage) ont été testés. Tous ont été classés avec succès.

Caducée : http://www.caducee.net/breves/breve.asp?idp=1&idb=2256

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