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Après le génome, le décodage du protéome sera le grand défi du XXI e siècle

Après la carte du génome le prochain grand défi de la biologie sera la carte complète des millions de protéines dont la production est commandée par nos gènes. En voici une première ébauche. Pour la première fois, une recherche vient de déterminer le "quota" de protéines d'un être vivant. Si 2001 a été l'année du génome, 2002 pourrait bien être celle du protéome commente la revue Nature. A ce protéome est associé la protéomique: alors que la génomique consiste en l'étude de l'ensemble de la carte de nos gènes, la protéomique consiste en l'étude de l'ensemble de la carte de nos protéines. Mais si un gène reste immuablement à la même place, une protéine peut tantôt être là, tantôt ailleurs. Tantôt active, tantôt inactive. Un gène peut produire plus d'une protéine, plusieurs gènes peuvent n'en produire aucune. Et chaque protéine peut interagir avec une ou plusieurs autres. La tâche est donc colossale, plus colossale encore que celle de la carte des gènes. L'équipe internationale qui publie dans Nature s'est attaquée à un micro-organisme: la levure de bière. Elle a identifié ses 6000 protéines. Et la première surprise a été le grand nombre de ces protéines (85%) qui interagissent avec d'autres. L'une d'elles avait des liens avec pas moins de 96 de ses semblables. "C'était une grande surprise de voir à quel point ces protéines sont sociales", souligne Giuilo Superti-Furga, du Laboratoire européen de biologie moléculaire à Heidelberg, en Allemagne. Mais cela donne du même coup une idée de l'immensité du travail qui attend ces chercheurs. "Ca défie l'imagination", résume Mike Tyers, de l'hôpital Mont Sinaï, à Toronto. Car de ces interactions entre les protéines dépend tout le reste: si on veut un jour concevoir un médicament dont le but serait de bloquer l'action d'une protéine néfaste, on a intérêt à connaître toutes les interactions de cette protéine avec ses consoeurs, et tous les rôles que cette protéine peut jouer, dans diverses situations. Autant dire que cette première "carte" n"est que la première et modeste marche d'un immense escalier que la biologie mettra sans doute plusieurs décennies à gravir.

Nature : http://www.nature.com/cgi-taf/DynaPage.taf?

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