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Il y a peu encore l'expression des gènes - c'est-à-dire leur traduction en protéines - était, en gros, principalement associée à la présence, en tête de la séquence ADN d'un gène, de zones particulières permettant la régulation et la transcription de ce gène. Des travaux de plus en plus nombreux tendent néanmoins à démontrer que ces séquences ne seraient qu'un aspect du processus. En particulier, les chromosomes (l'ADN au plus haut niveau de compactage) seraient répartis par territoires dans le noyau et cette répartition serait caractéristique de la fonction de la cellule considérée.

Les interactions se produisant dans leur territoire et à leurs frontières joueraient donc, semble-t-il, dans les processus d'expression des gènes. D'où l'empressement des biologistes à identifier quels chromosomes sont en contact à quel endroit et avec quelle fréquence, et établir ainsi les réseaux des interactions intra et inter chromosomes puis en déduire leur rôle.

Dans un deuxième temps, Chromonet se proposera d'établir des liens entre ces interactions et des phénomènes chromosomiques (régulation, transcription, réarrangement des chromosomes) ou des voies métaboliques (une même voie métabolique pouvant faire appel à des protéines éloignées sur l'ADN, mais proches dans le noyau). Pour cela les équipes de l'INRIA s'appuieront sur des comparaisons de graphes et l'étude de corrélations. Contrairement aux travaux s'inspirant des réseaux physiques de type Internet, elles prendront en considération les spécificités des réseaux biologiques, indispensables pour étudier les régularités (plusieurs types de noeuds, processus dynamique, etc.).

INRIA

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