Selon une étude réalisée par des chercheurs de l'Université de Californie-San Diego, une nouvelle méthode de dépistage du cancer pourrait permettre de révolutionner les outils de diagnostic de cette maladie. « Presque tous les efforts de recherche antérieurs sur le cancer ont ignoré l'interaction complexe que les cellules cancéreuses humaines peuvent avoir avec les bactéries, virus et autres microbes qui vivent dans et sur notre corps », a déclaré Rob Knight, coauteur de l’étude. Étant donné le nombre important de gènes microbiens dans notre corps, « il ne devrait donc pas être surprenant qu'ils nous donnent des indices importants sur notre santé », poursuit-il.
Les chercheurs ont analysé les données du National Cancer Institute contenant des informations sur des milliers de tumeurs de patients. En tout, 18 116 échantillons de tumeurs, représentant 10 481 patients avec 33 types de cancer différents, ont été passés à la loupe.
Les scientifiques ont fait émerger des signatures microbiennes distinctes associées à des types de cancer spécifiques, dont certaines sont connues comme l'association entre le papillomavirus humain (HPV) et les cancers du col de l'utérus et de la tête. L'équipe a également identifié des signatures microbiennes jusque-là inconnues qui discriminaient fortement les types de cancer. Par exemple, la présence d'espèces de Faecalibacterium a distingué le cancer du côlon des autres cancers.
Pour associer certains modèles microbiens à la présence de cancers spécifiques, les chercheurs ont formé et testé des centaines de modèles d'apprentissage automatique. Ils ont ensuite supprimé les cancers avancés de l'ensemble de données et ont constaté que de nombreux types de cancer étaient encore distinguables à des stades antérieurs en s'appuyant uniquement sur des données microbiennes dérivées du sang.
Cette découverte a par la suite été testée sur de véritables patients atteints de cancers de la prostate, du poumon et de mélanome. Les modèles d'apprentissage automatique de l'équipe ont permis de distinguer la plupart des personnes atteintes de cancer de celles qui n'en avaient pas.
Cette découverte permet de mieux diagnostiquer et suivre l’évolution des différents types de cancer. « La capacité, dans un seul tube de sang, d'avoir un profil complet de l'ADN de la tumeur ainsi que de l'ADN du microbiote du patient est un pas en avant important pour mieux comprendre les interactions de l'environnement dans le cancer », a précisé Sandip Pravin Patel, oncologue et co-auteur de l’étude. De plus, cette approche permet de mieux surveiller l’évolution du cancer dans le temps. « Cela pourrait avoir des implications majeures pour les soins aux patients atteints de cancer et pour la détection précoce du cancer, si ces résultats continuent de se confirmer dans d'autres tests », ajoute-t-il.
Actuellement, le diagnostic de la plupart des cancers est long, invasif et coûteux. Cela nécessite une biopsie chirurgicale ou le retrait d'un échantillon du site suspecté du cancer et l'analyse par des experts qui recherchent des marqueurs moléculaires associés à certains cancers. L’avantage de cette nouvelle méthode permet de détecter avec précision la présence et le type de cancers à des stades plus précoces que les tests de biopsie liquide actuels et de manière moins coûteuse et invasive.
Article rédigé par Georges Simmonds pour RT Flash
