Une équipe de recherche appartenant au consortium MetaHIT (Metagenomics of Human Intestinal Tract) qui a déjà réalisé le séquençage de l'ensemble des gènes (ou métagénome) de la flore intestinale, a révélé que la flore intestinale humaine se répartit en trois catégories, ou «entérotypes» : bacteroides, prevotella et ruminococcus. Ce qui différencie ces trois groupes ? Les bactéries qui colonisent nos intestins. Les trois entérotypes portent d’ailleurs le nom de la famille de microbes la plus représentée au sein de chacune d'elles. Et, l’étude ayant été réalisée à partir d'échantillons intestinaux prélevés sur 39 individus vivant en Europe, en Amérique et au Japon, elle a montré que la répartition entre les trois groupes s'avère indépendante de l'âge, de l'état de santé (surpoids, maladies inflammatoires) et de l'origine géographique des personnes.
Cette découverte pourrait faciliter le diagnostic de nombreuses maladies dont l'obésité, le diabète, ou encore les allergies alimentaires. En effet, connaître la composition précise de la flore intestinale et savoir quel est le lien entre un déséquilibre de cette population bactérienne et l'apparition de certaines maladies pourrait permettre de repérer les personnes à risque avant que ces maladies ne se déclarent.
L'existence de ces trois entérotypes, dont l'origine n'est pas encore bien comprise, pourrait également «expliquer pourquoi les effets de certains médicaments ou aliments varient d'une personne à l'autre», explique Jeroen Raes, chercheur à l'université de Bruxelles (VIB) et l'un des principaux auteurs de l'étude.
Pour bien comprendre l'enjeu de ces travaux, il faut garder à l'esprit que «le génome de notre flore intestinale compte 3,3 millions de gènes, soit 150 fois plus que dans l'ADN de nos propres cellules», souligne Stanislav-Dusko Ehrlich, chercheur à l'Institut national de la recherche agronomique (Inra) et coordonnateur du consortium MetaHIT (Metagenomics of Human Intestinal Tract) auquel participent des scientifiques du CEA, du CNRS, de l'université d'Évry-val d'Essonne, de l'Institut Mérieux et du groupe Danone. Selon lui, «il s'agit d'une nouvelle terra incognita dont on ne connaissait quasiment rien il y a trois ans» , lorsque le projet a été lancé.
Cette découverte pourrait aussi «expliquer pourquoi les effets de certains médicaments ou aliments varient d'une personne à l'autre». La prochaine étape vise à affiner la classification du microbiome humain en travaillant sur un échantillon plus large d'au moins 1000 individus. Objectif : essayer de trouver de nouveaux groupes, ou même des sous-groupes, pour affiner les entérotypes déjà définis, comme les facteurs rhésus pour le sang.
les recherches menées dans le cadre de MetaHIT laissent entrevoir la possibilité d'aller «vers une médecine personnalisée» capable d'améliorer le pronostic des maladies chroniques (diabète, allergies, maladie de Crohn) contre lesquelles il est très difficile de lutter une fois qu'elles se déclarent, en repérant les personnes à risque. La possibilité d'intervenir directement sur la flore en cas de perturbation de l'écosystème intestinal, en stimulant les «bonnes» bactéries et en annihilant les «mauvaises», est également envisagée.
