Au milieu de l'été 2003, l'Institut de veille sanitaire (InVS) recevait des nouvelles alarmantes de plusieurs établissements de santé. Une série d'infections nosocomiales à Acinetobacter baumannii, résistantes à la plupart des traitements antibiotiques, coûtait la vie à une dizaine de patients. Cet épisode dramatique, doublé d'une convergence d'intérêts scientifiques, allait inciter un consortium d'équipes françaises du CNRS, de l'Université de la Méditerranée, du génoscope et de l'hôpital de Bicêtre, à se lancer dans le décryptage du génome de la bactérie Acinetobacter baumannii, l'un des derniers pathogènes humains majeurs encore non caractérisé au plan génomique. Les résultats de ces travaux sont publiés sur Internet dans la revue PloS Genetics datée de janvier 2006.
Acinetobacter baumannii est une bactérie opportuniste responsable d'un nombre croissant d'infections nosocomiales ultra-résistantes et souvent mortelles, notamment de pneumopathies dans les services de réanimation. Le contrôle d'une épidémie à A. baumannii est toujours difficile, et passe par une désinfection soigneuse qui nécessite l'isolement des patients et la fermeture des services contaminés. Si toutes les bactéries pathogènes peuvent éventuellement devenir porteuses de résistances aux antibiotiques, A. baumannii se caractérise par la vitesse à laquelle elle les accumule. En une trentaine d'années, A. baumannii est passée d'une susceptibilité à la plupart des antibactériens à une résistance quasi-totale. La comparaison du génome (d'environ 4 millions de nucléotides) d'une souche multi-résistante à celui d'une souche restée sensible (associée au pou humain) a révélé la plus grande concentration de gènes de résistance (appelé « îlot de résistance ») jamais découverte : 45 gènes ramassés sur un segment du génome de 86 000 nucléotides, curieusement insérés au milieu d'un gène préexistant. Ces travaux montrent que le séquençage génomique devient un moyen rapide et efficace pour caractériser des pathogènes émergents et identifier en une fois l'ensemble de leurs gènes de résistance. Ils pourront servir à accélérer le diagnostic des infections nosocomiales et à en affiner le traitement.
