Les infections bactériennes résistantes aux antibiotiques sont devenues un problème critique pour les hôpitaux du monde entier. Chaque année, ces infections difficiles à traiter causent des dizaines de milliers de décès et alourdissent considérablement la prise en charge des patients hospitalisés. Dans ce contexte, la capacité des laboratoires hospitaliers à identifier rapidement et précisément les superbactéries responsables devient un enjeu central pour limiter la propagation de ces pathogènes et ajuster les traitements.
Une étude menée par des chercheurs du Barts Health NHS Trust et de la Medicines and Healthcare products Regulatory Agency (MHRA), a présenté une méthode de séquençage ADN adaptée aux besoins cliniques. Standardisée et validée sur des échantillons réels, cette approche permet d’obtenir un diagnostic fiable en moins de 48 heures. Même lorsque les bactéries sont indétectables par les techniques classiques de culture.
Ces chercheurs ont misé sur le séquençage du gène 16 S de l’ARN ribosomique, un outil reconnu pour son universalité dans la détection bactérienne. Ce séquençage permet d’identifier rapidement les bactéries, même en cas de faible charge ou après une antibiothérapie préalable. Concrètement, on lit directement l’empreinte génétique des micro-organismes. Jusqu’ici, cette technique restait cantonnée à quelques laboratoires de référence en raison de l’absence de protocole harmonisé. D’autre part, on manquait cruellement de matériaux de contrôle permettant d’en garantir la fiabilité. Comme le souligne Ian Butler, co-auteur, « chaque laboratoire développait ses propres méthodes. Ce qui entraînait des écarts significatifs dans la sensibilité et la précision des résultats ». Il demeurait alors difficile de comparer ou valider à l’échelle nationale.
Pour y remédier, les chercheurs ont établi un processus de standardisation, conçu spécifiquement pour les besoins des hôpitaux du NHS face aux superbactéries. Ce protocole repose sur l’utilisation de matériaux de référence fournis par le National Measurement Laboratory (NML) et par la MHRA elle-même, désignée centre collaborateur de l’OMS. La validation de cette méthode standardisée a été réalisée à partir de 34 échantillons cliniques issus de patients hospitalisés pour des infections sévères. Ces échantillons furent prélevés sur des sites anatomiques stériles (liquide céphalo-rachidien, prélèvements osseux, liquides articulaires). Ils présentaient tous un historique de résultats négatifs en culture conventionnelle ou de séquences partielles obtenues par la méthode Sanger, souvent insuffisantes pour identifier avec certitude l’agent pathogène. Pour chaque échantillon, l’ADN a été extrait, amplifié en ciblant les régions V1-V2 et V1-V9 du gène 16S, puis séquencé avec la technologie ONT MinION. Ce double ciblage permet d’explorer une plus large portion du matériel génétique des bactéries. Cela augmente les chances de détecter précisément toutes les bactéries présentes. On peut repérer également celles des infections mixtes où plusieurs espèces sont impliquées. Ce dernier cas représente actuellement un vrai défi pour les méthodes classiques.
Les résultats de cette évaluation clinique sont particulièrement significatifs. La méthode a identifié avec succès un agent pathogène dans 100 % des échantillons analysés. Et cela y compris dans les 12 cas classés négatifs par PCR 16S Sanger. Ce taux de détection repose sur la capacité du séquençage à analyser en temps réel des fragments de 1 500 paires de bases. Ils couvrent ainsi la totalité du gène 16 S. Ces performances confirment que la combinaison d’une méthodologie standardisée et d’une technologie de séquençage longue portée permet d’améliorer drastiquement la précision des diagnostics microbiologiques en milieu hospitalier. Même sur des infections complexes ou à très faible charge bactérienne.
Les infections nosocomiales, c’est-à-dire celles contractées à l’hôpital, touchent chaque année des milliers de patients. Quand une bactérie résistante s’installe dans un service, chaque heure perdue complique la situation. Cela prolonge les hospitalisations et met en danger les patients les plus fragiles. Avec cette nouvelle technologie, les médecins disposent enfin d’un outil capable d’identifier, en seulement deux jours, la bactérie en cause. De plus, ils peuvent déterminer les antibiotiques qui resteront efficaces pour la combattre. Au-delà de l’impact immédiat pour chaque patient, cette technologie représente un levier majeur pour l’ensemble du système de santé. En ciblant avec précision les traitements, elle réduit la pression antibiotique qui favorise l’apparition de nouvelles superbactéries. Chaque infection résistante évitée, c’est un risque en moins de voir émerger une souche encore plus difficile à traiter. Ce séquençage rapide permet aussi de comprendre comment une bactérie circule dans un établissement. Un avantage pour stopper sa propagation avant qu’elle ne devienne incontrôlable. Ce n’est donc pas seulement une avancée technique. Mais il s’agit d’un changement stratégique dans la manière dont les hôpitaux protègent leurs patients, leurs soignants et l’efficacité future des antibiotiques.
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology : https://www.frontiersin.org/journals/cellular-and-infection-microbiology/articles/10.3389/fcimb.2025.1517208/full
