Le séquençage métagénomique de nouvelle génération (mNGS – Metagenomic next-generation sequencing) permet de détecter des agents pathogènes non reconnus par les méthodes microbiologiques conventionnelles, y compris ceux qui sont rares ou nouveaux. Si sa validité diagnostique est bien établie, on ne dispose pourtant pas d’étude identifiant les patients les plus susceptibles d’en bénéficier. La question est d’autant plus importante qu’il s’agit d’une technologie innovante coûteuse.
Formée de scientifiques de l’hôpital Necker-Enfants malades AP-HP, de l’Institut Pasteur, de l’Université Paris Cité, de l’Inserm (Institut national de la santé et de la recherche médicale), de l’université Paris-Est Créteil et de l’École nationale vétérinaire d’Alfort, une équipe a mené un travail (publié dans le Lancet Microbe) pour apporter des éléments de réponse.
Elle a analysé 742 échantillons biologiques prélevés sur 523 patients entre le 20 octobre 2019 et le 7 novembre 2022. Le recrutement a eu lieu dans les hôpitaux de l’AP-HP (Assistance Publique-Hôpitaux de Paris) et dans des centres de soins en métropole et en outre-mer. Leurs praticiens décidaient de recourir ou non à l’analyse mNGS qui leur était proposée et aucune restriction n’était formulée sur la nature des échantillons ni sur le type de patient inclus : les praticiens décidaient de l’opportunité du type de prélèvement et du type de patient.
Chaque médecin prescripteur devait remplir un formulaire indiquant notamment la plus ou moins forte présomption d’infection. Les dossiers “échantillon/patient” ont ensuite été divisés en deux groupes : à suspicion forte d’infection (63 % des dossiers) ou faible (37 %). L’analyse mNGS a permis d’établir un diagnostic étiologique dans 25 % des cas où une infection était fortement suspectée (117 échantillons sur 470) et à confirmer l’absence d’infection dans 97 % des cas (263 échantillons sur 272) où cette absence était présumée.
Elle avait plus de chances de détecter un pathogène causal ou possiblement causal de l’infection quand le choix de prélever l’échantillon portait sur le tissu cérébral plutôt que le liquide céphalo-rachidien et quand les patients étaient atteints d’un syndrome d’immunodéficience. Les résultats de l'analyse étaient concordants avec ceux des techniques classiques dans 103 cas sur 106 quand elle détectait des pathogènes.
Sur les 231 échantillons analysés à la fois par les techniques classiques et par l’analyse mNGS, des résultats discordants ont été trouvés dans 69 d’entre eux (30 %), dont 58 (84 %) étaient positifs à l’analyse mNGS et négatifs aux techniques classiques et 11 (16%) étaient négatifs à l’analyse mNGS et positifs aux autres tests. Enfin, l'étude a montré que l’analyse mNGS était utile pour rechercher des agents pathogènes dans les selles, non seulement en cas de troubles digestifs, mais aussi d’hépatites et de plusieurs manifestations neurologiques.
Article rédigé par Georges Simmonds pour RT Flash
