La Clovibactine, un nouvel antibiotique découvert par un consortium d’universités européennes et américaines, sur l’initiative de la société NovoBiotic Pharmaceuticals (Cambridge, États-Unis), semble capable de combattre les "superbactéries" multirésistantes sur le long terme. Markus Weingarth, chercheur au département de chimie de l'université d’Utrecht, et ses collègues, font part de la découverte de la Clovibactine et de son mécanisme de destruction. 99 % des bactéries font partie de ce que les chercheurs appellent la "matière noire bactérienne", une diversité génétique de microbes qui ne pouvait jusqu’à présent pas être cultivée en laboratoire, ni exploitée pour créer de nouveaux médicaments. « Clovibactin est différent », déclare Weingarth : « Étant donné que Clovibactin a été isolé à partir de bactéries qui ne pouvaient pas être cultivées auparavant, les bactéries pathogènes n'ont jamais vu un tel antibiotique et n'ont pas eu le temps de développer une résistance ». Aujourd’hui, il existe certaines technologies permettant de détecter et cultiver une partie de cette matière noire.
En 2015, le dispositif iCHip, développé par NovoBiotic Pharmaceuticals, une société américaine de découverte d'antibiotiques en phase de démarrage, et le microbiologiste Kim Lewis de la Northeastern University de Boston permettait la découverte de l'antibiotique Teixobactine. « Teixobactine a été considéré comme le premier antibiotique véritablement nouveau découvert depuis des décennies », précise Markus Weingarth. Le même dispositif qui a permis la découverte de la Clovibactine dans une bactérie isolée d'un sol sablonneux de Caroline du Nord. Les résultats de l’étude montrent que la Clovibactine a un mode opératoire très proche de la Teixobactine. Elle a été utilisée avec succès pour traiter des souris infectées par la superbactérie Staphylococcus aureus, pourtant résistante aux antibiotiques usuels. Les antibiotiques peuvent agir sur les bactéries pathogènes de différentes manières. La Clovibactine va bloquer la synthèse de la membrane entourant la bactérie, mais pour cela, elle cible trois molécules différentes composées de pyrophosphate, composé nécessaire à la construction de cette enveloppe. « La clovibactine s'enroule autour du pyrophosphate comme un gant bien ajusté. Comme une cage qui enferme sa cible », explique M. Weingarth. « C'est ce qui a donné son nom à la clovibactine, dérivé du mot grec “Klouvi”, qui signifie cage ».
Les antibiotiques classiques ciblent généralement une seule molécule, permettant à la bactérie de muter, modifier cette molécule pour échapper à l’action de l’antibiotique et devenir résistante plus facilement. Après avoir fixé les molécules cibles, la Clovibactine se prolonge sous forme de petites fibres à la surface des membranes bactériennes. « Ces fibrilles garantissent ainsi que les molécules cibles restent séquestrées aussi longtemps que nécessaire pour tuer les bactéries », poursuit le chercheur : « Comme ces fibrilles ne se forment que sur les membranes bactériennes et non sur les membranes humaines, elles sont probablement aussi la raison pour laquelle la Clovibactine n'est pas toxique pour les cellules humaines ». L'aspect remarquable du mécanisme de la Clovibactine est qu'elle ne se lie qu’à la partie immuable (qui ne varie pas), de ses cibles, qui ne peuvent pas muter à cet endroit. « Les bactéries auront beaucoup plus de mal à développer une résistance à son encontre. En fait, nous n'avons pas observé de résistance à la Clovibactine dans nos études », se réjouit Weingarth. Habituellement, des résistances peuvent commencer à se développer en quelques jours en laboratoire. Néanmoins, la Clovibactine semble être en particulier efficace sur un groupe de bactéries appelé “GRAM positif”, qui ne serait pas le plus sensible au développement de résistance. Plus largement l’étude des bactéries non cultivables est une étape très importante dans le développement d’antibiotiques puissants pour l’avenir.
Article rédigé par Georges Simmonds pour RT Flash
