Fondée en 2019, Aqemia est une jeune pousse issue de l’ENS et du CNRS, issue de la recherche fondamentale. Elle développe une technologie permettant, en un temps record, de trouver des molécules thérapeutiques pour une cible thérapeutique. Aqemia vient d’ailleurs de contractualiser avec Sanofi pour développer des médicaments contre le SARS-CoV-2.
Aqemia combine deux technologies. La première technologie, qui a été développée à l’ENS, permet de prédire sur des bases physiques si une petite molécule – un candidat médicament – est efficace. Pour être efficace, il faut que cette molécule ait une bonne affinité avec sa cible thérapeutique. « La cible thérapeutique, qui est une grosse molécule, peut être vue comme un verrou, qui est responsable d’une maladie, et plus précisément d’un mécanisme de cette maladie. Il s’agit donc pour nous de trouver la bonne clé – parmi une quasi infinité de solutions – qui va entrer dans le verrou et l’empêcher de jouer son rôle dans la maladie ». Cette approche permet de prédire, grâce à des algorithmes très rapides et très précis, si les deux molécules s’emboîtent bien l’une dans l’autre. L'innovation d'Aqemia consiste dans l'utilisation originale d’une théorie quantique pour l’adapter à la mécanique statistique.
La seconde technologie développée est une intelligence artificielle, qui invente de nouvelles molécules. Ainsi, ces deux technologies sont complémentaires, puisqu’une technologie va permettre d’inventer des molécules, et une seconde va valider, ou pas, l’affinité entre cette nouvelle molécule et la cible thérapeutique. Si la molécule imaginée ne correspond pas, l’intelligence artificielle va prendre en compte les points de blocage pour inventer une autre molécule. Et ainsi de suite, le système informatique fonctionne par boucles d’améliorations, et après une grande quantité de tests et de générations, il est possible d'obtenir une molécule qui correspond à la cible thérapeutique.
Pour développer un médicament contre le SARS-CoV-2, les chercheurs d'Aqemia sont partis de molécules déjà identifiées pour avoir une bonne affinité pour la protéase du VIH (et également la protéase de SARS-CoV-1), qui a beaucoup de similitudes avec celle SARS-CoV-2. Ils ont testé ces molécules sur la protéase de SARS-CoV-2 et leur algorithme d’intelligence artificielle a progressivement modifié ces molécules, pour aboutir à une molécule ayant une affinité optimale avec la cible thérapeutique du SARS-CoV-2.
Article rédigé par Georges Simmonds pour RT Flash
