Malgré les avancées scientifiques et médicales, plus de 400.000 personnes dans le monde meurent encore chaque année du paludisme, une maladie transmise par la piqûre de moustiques infectés par le parasite Plasmodium. Le génome du parasite est relativement petit, contenant environ 5.000 gènes et, contrairement aux cellules humaines, celui-ci ne possède qu'une seule copie de chaque gène. Le retrait de l’un de ses gènes conduit ainsi immédiatement à une modification de son phénotype.
Un consortium international, dirigé par les professeurs Volker Heussler de l'Institut de biologie cellulaire (ICB) de l'Université de Berne et Oliver Billker de l’Institut Sanger en Grande-Bretagne (récemment établi en Suède), en collaboration avec la professeure Dominique Soldati-Favre, au Département de microbiologie et médecine moléculaire de la Faculté de médecine de l'UNIGE, a tiré profit de cette particularité.
Pour la première fois, les chercheurs ont mené une étude de délétion de gènes à grande échelle chez le Plasmodium : en retirant individuellement plus de 1.300 gènes et en observant les effets de ces modifications durant le cycle de vie complet du parasite, ils ont pu identifier de nombreuses nouvelles cibles chez le pathogène.
Les chercheurs ont utilisé un modèle murin du paludisme établi à l’Institut de Biologie cellulaire (ICB) de l'Université de Berne. Chacun des 1.300 gènes du parasite a été remplacé par un barcode (une courte séquence d’ADN spécifique et unique pour chaque gène), afin d’analyser comment l'élimination des gènes affecte le parasite.
L'utilisation de ces barcodes spécifiques et uniques permet d'étudier simultanément de nombreux parasites à travers le cycle de vie du Plasmodium, réduisant considérablement des décennies de travail sur des gènes individuels.
Après trois ans de recherche, le consortium international a réussi à cribler de manière systématique le génome du parasite à tous les stades de son cycle de vie. « L'étude à grande échelle, réalisée conjointement avec l'Institut Sanger, nous a permis d'identifier des centaines de cibles, en particulier celles impliquées dans le métabolisme du parasite », note Rebecca Stanway, l'une des principales auteures de cette étude.
Afin d'analyser de manière systématique les nombreux gènes métaboliques identifiés, les chercheurs bernois se sont associés aux professeurs Vassily Hatzimanikatis de l'EPFL à Lausanne et Dominique Soldati-Favre de la Faculté de médecine de l'Université de Genève pour former le consortium « MalarX », soutenu par le FNS. En utilisant les données du génome du Plasmodium, le groupe de l'EPFL a construit des modèles mathématiques démontrant les voies métaboliques essentielles à la survie du parasite. « Grâce à ces modèles, il est maintenant possible de prédire quels gènes, jusqu'alors inexplorés, sont vitaux pour le parasite et donc considérés comme des cibles thérapeutiques dans la lutte contre le paludisme », ajoute Anush Chiappino-Pepe, experte en modélisation à l'EPFL.
Certaines de ces prédictions ont été ensuite confirmées expérimentalement par les chercheurs bernois en étroite collaboration avec le groupe du professeur Chris Janse de l'Université de Leiden aux Pays-Bas. « L’étude du génome du parasite à grande échelle combinée avec les modèles mathématiques représentent une percée dans la recherche sur le paludisme », détaille la Docteure Magali Roques de l'équipe bernoise. « Nos résultats soutiendront de nombreux chercheurs sur le paludisme dans le monde entier. Ils peuvent maintenant se concentrer sur les gènes essentiels du parasite et développer des médicaments et des vaccins efficaces contre ses différents stades du cycle de vie », ajoute Ellen Bushell, une ancienne scientifique de l'Institut Sanger.
Article rédigé par Georges Simmonds pour RT Flash
