Un consortium international, mené par l'Inra et associant des chercheurs en France, en Italie, en Allemagne, aux Pays Bas et en Afrique du Sud, a pu obtenir un génome du pommier de très haute qualité, en combinant les dernières technologies de séquençage de l'ADN à celles de la cartographie classique.
La pomme est un des fruits les plus consommés au monde, et représente 84,6 millions de tonnes produites chaque année. Afin de pouvoir sélectionner plus efficacement les nouvelles variétés de pommier, il est indispensable d'avoir accès à un génome de haute qualité. Cela permet d'effectuer des études génétiques et épigénétiques indispensables à l'identification de gènes clés impliqués par exemple dans la taille et la couleur du fruit, ou la résistance aux maladies.
En s'appuyant sur une carte génétique à haute densité de marqueurs, le génome a pu être assemblé en 17 pseudo-molécules, représentant les 17 chromosomes du pommier. D'une taille totale de 649.3 Mb, assemblé en 280 fragments, ce génome comporte 42140 gènes.
Avec ce génome de très haute qualité, les chercheurs ont pu conduire des études épigénétiques, c'est-à-dire sur la transmission d'informations indépendamment de la séquence de l'ADN. Cela leur a permis de mettre en évidence que des marques épigénétiques peuvent influencer le développement du fruit à travers l'expression différentielle des gènes.
La cartographie complète de ce génome va aussi permettre d'accélérer la création de nouvelles variétés plus résistantes pour réduire l'utilisation de pesticides, pour améliorer la qualité des pommes ou encore pour adapter ces variétés aux contraintes de l'environnement et au changement climatique.
Article rédigé par Georges Simmonds pour RT Flash
