Des scientifiques de l’Inra ont achevé le séquençage du génome de la lignée de tournesol XRQ, parent d'une variété cultivée, développée par l'Inra. Pour la première fois, l’ADN du tournesol a été décrypté complètement. C'est-à-dire que l’ensemble de ses gènes (son génome) a été décodé, assemblé et ordonné. La séquence du génome du tournesol a été mise à disposition des programmes de sélection des partenaires du projet SUNRISE et de la communauté académique.
Pour obtenir ce résultat, la principale difficulté a été d’assembler, comme les pièces d’un puzzle, les gènes dans le bon ordre. Ce puzzle géant, 20 % plus grand que le génome humain, est d’autant plus difficile à construire que le génome du tournesol est constitué de très nombreuses pièces qui se ressemblent. Plus de 80 % du génome du tournesol sont constitués de parties quasi identiques que les programmes informatiques ont beaucoup de difficultés à différencier.
Grâce à une stratégie innovante utilisant le robot de séquençage de dernière génération PacBio RS II4, les scientifiques ont obtenu une séquence de référence de qualité. En effet, le séquenceur PacBio RS II est capable de lire des fragments d’ADN 100 fois plus longs que les générations précédentes de robots. Les fragments sont ensuite plus facilement assemblés dans le bon ordre. Cette nouvelle technologie est désormais appliquée au séquençage des génomes d’autres plantes cultivées ou de plantes parasites, comme l’Orobanche cumana, une plante parasite du tournesol.
Le tournesol est une espèce de grande culture, dont 80 % de la production sont assurés en Europe, et qui possède un fort potentiel d’amélioration génétique. La cartographie précise de l’ensemble des gènes du tournesol ouvre de nouvelles potentialités pour l'identification de gènes d’intérêt agronomique ou intervenant dans les débouchés industriels ou alimentaires. Ce résultat permettra d’accélérer l’efficacité des programmes nationaux et internationaux de sélection sur le tournesol et la mise sur le marché de variétés améliorées pour leur adaptation aux différentes pratiques agricoles. Ce décryptage sera en particulier utilisé, dans le cadre du projet SUNRISE, pour identifier des gènes de tolérance à la sécheresse, en réponse au changement climatique.
Article rédigé par Georges Simmonds pour RT Flash
