Le Mimivirus, un virus à ADN infectant l’amibe Acanthamoeba polyphaga, était jusqu’à présent le plus grand virus connu en termes de taille et de génome (qui code 979 protéines).
Des virologues marseillais viennent de découvrir, en collaboration avec les Chiliens, un virus géant cousin du Mimivirus dans les eaux situées au large du Chili. Le Megavirus chiliensis, un virus géant de près de 0,5 micromètre se réplique chez les 3 espèces d’ Acanthamoeba (polyphaga, griffini, castellanii) et possède un génome à ADN de 1 259 197 paires de bases, codant 1 120 protéines. Mimivirus et Megavirus chilensis font partie d’une nouvelle famille virale, celle des Megaviridae, qui regrouperait les virus dont le génome dépasse un million de paires de bases.
Les deux virus possèdent 594 gènes en commun, dont des gènes jamais identifiés auparavant ailleurs que dans des génomes cellulaires : ceux codant pour la traduction en protéines (Aminoacyl tRNA synthetases ArgRS, CysRS, MetRS, TyrRS), dont sont théoriquement dépourvus les virus. Mais Megavirus chiliensis possède en supplément 3 autres gènes « pseudo-cellulaires » (IleRS, TrpRS, AsnRS). La première hypothèse serait un « pickpocket » génétique expliquant le gigantisme génomique des Megaviridae par d’innombrables transferts horizontaux de gènes des cellules hôtes. Cependant, la divergence génomique observée entre Mimivirus et Megavirus chilensis est plutôt en faveur de l’hypothèse selon laquelle les virus géants sont issus d’une cellule ancestrale, qui possédait un appareil de traduction. La présence de 3 gènes « pseudo-cellulaires » supplémentaires chez Megavirus chilensis exclut pour les auteurs le mécanisme de transfert horizontal (qui correspondrait à l’acquisition indépendante de 7 gènes). La réduction génomique est un processus évolutif rapide, commun à tous organismes intracellulaires, qui pourrait expliquer l’évolution des Megaviridae depuis des ancêtres communs plus complexes.
Ces résultats surprenants illustrent l’intérêt de cette nouvelle famille de virus géants, vus comme des fossiles vivants d’organismes cellulaires ancestraux qui ne sont peut-être plus représentés aujourd’hui.
