En 2004, la découverte de Mimivirus (pour Mimicking-microbe virus, ou "virus imitant le microbe") et le séquençage de son génome avaient semé un trouble considérable dans la communauté des virologues et, plus encore, dans celle des spécialistes de l’évolution. C’était, selon le mot d’une biologiste canadienne qui découvrait la bestiole, "un chaînon manquant dont on ignorait qu’il manquait" : un virus plus gros et au génome plus vaste et plus complexe que bien des bactéries. La découverte d’un insecte de la taille d’un éléphant n’aurait pas été plus étonnante. Le record établi voilà un peu plus de sept ans par Mimivirus, avec son millier de gènes, vient toutefois d’être battu avec la découverte, par des chercheurs du laboratoire Information génomique et structurale (CNRS-Université de la Méditerranée), d’un nouveau virus géant. Ce dernier, baptisé Megavirus chilensis, a été découvert le long des côtes chiliennes, aux abords de la station biologique de Las Cruces.
Le génome de la bête, publié lundi 10 octobre dans la revue Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), est plus gros d’environ 6,5 % que celui de Mimivirus. Mais ce n’est pas tout. "Jusqu’à présent, les autres virus géants décrits depuis la découverte de Mimivirus était remarquablement proches de ce dernier, avec des génomes identiques à plus de 95 %, explique Jean-Michel Claverie, directeur de l’IGS et coauteur de ces travaux. C’est donc un peu comme si on avait retrouvé des isolats différents du même virus. Ici, une chose importante est que non seulement Megavirus chilensis est plus gros que Mimivirus, mais il est aussi très différent : il ne partage avec ce dernier que 50 % environ de son ADN."
De fait, à la découverte de Mimivirus, un débat avait surgi sur la nature du génome monumental du nouveau venu. Celui-ci était-il un "vrai" génome ou n’était-il qu’une succession de séquences n’ayant jamais été fonctionnelles, ayant simplement été "empruntées" aux hôtes successifs infectés par le virus ? La controverse était d’autant plus aigüe que certaines séquences génétiques présentes dans l’ADN de Mimivirus ne pouvaient appartenir qu’à des êtres vivants : il s’agissait de séquences synthétisant des enzymes censées être l’apanage des organismes cellulaires. C’est-à-dire l’apanage de la vie, telle qu’elle était définie. Ces quatre séquences génétiques tendaient donc à rattacher le gros virus à l’arbre du vivant, au même titre que les eucaryotes (plantes, animaux et champignons), les bactéries et les archées.
Or, que trouve-t-on dans Megavirus chilensis ? Ces quatre mêmes séquences, agrémentées de trois nouvelles, également impliquées dans le fonctionnement cellulaire. Et donc là encore présumées absentes des virus – qui n’ont de cellules que celles des organismes qu’ils infectent. Au total, sept de ces séquences "suspectes" agrémentent donc le génome de Megavirus chilensis. "Cela suggère que Megavirus chilensis et Mimivirus descendent d’un ancêtre commun cellulaire", dit M. Claverie. De quoi faire avancer le débat sur la définition de la vie et de l’opportunité d’ajouter une quatrième branche à l’arbre de la vie.
