Les bactéries hébergées par le tube digestif humain (ou métagénomes) comportent 150 fois plus de gènes que le génome humain. C'est ce que vient de montrer un consortium international de chercheurs coordonné par l'Inra de Jouy-en-Josas, auquel participe la Direction des sciences du vivant du CEA (Génoscope, Évry). Selon lui, seul un millier d'espèces bactériennes sont habituellement présentes en grande quantité dans l'intestin de l'homme, chaque individu en abritant au moins 170. Et, contrairement à ce qui était établi, la plupart des espèces sont semblables d'un individu à l'autre. Ces résultats sont publiés dans la revue Nature du 4 mars 2010.
Pour mémoire, l'homme vit en association permanente avec les bactéries présentes sur toutes les surfaces et dans toutes les cavités de son corps, la majorité étant hébergées par son tube digestif. Les cellules bactériennes qui nous accompagnent sont au moins dix fois plus nombreuses que nos propres cellules. Ces communautés, dynamiques et complexes, influencent profondément notre physiologie, notre nutrition, ainsi que notre immunité et son développement. Par exemple, les bactéries synthétisent des vitamines et contribuent à la dégradation de certains composés, qu'il serait impossible d'assimiler sans leur aide. Elles jouent un grand rôle dans les fonctions immunitaires en nous protégeant contre les bactéries pathogènes et en "dialoguant" avec nos cellules.
Des recherches ont montré des différences significatives dans la composition du métagénome chez les personnes obèses ou atteintes de maladies inflammatoires intestinales et chez les sujets sains, d'où l'hypothèse que des déséquilibres de la flore digestive peuvent contribuer au développement de maladies. Le projet européen MetaHIT (METAgenomics of the Human Intestinal Tract) a permis de caractériser, pour la première fois, les gènes de bactéries provenant de selles de 124 individus d'origine européenne.
85 % des gènes bactériens portés par la population humaine étudiée ont ainsi été séquencés ; ils représentent environ 3,3 millions de gènes bactériens. La connaissance de ce métagénome ouvre, selon cette équipe, de nombreuses perspectives d'application dans le domaine de la nutrition, de la prévention et dans le traitement des maladies dans lesquelles les microorganismes intestinaux jouent un rôle.
