Afin de compléter la directive européenne 2000/60, dite directive-cadre sur l'eau (DCE), le Parlement européen a adopté le 17 juin 2008 un nouveau texte qui arrête des normes de qualité environnementale (NQE). Il s'agit de la Proposition de directive du Parlement européen et du Conseil, du 17 juillet 2006, établissant des normes de qualité environnementale dans le domaine de l'eau. Ce texte ne concerne que 33 agents polluants (pesticides, métaux lourds et autres) qualifiés de « substances dangereuses prioritaires »au titre de la décision n° 2455/2001/CE. Cette directive "fille à la directive DCE sera mise en oeuvre au plus tôt en 2010.
Après de nombreux débats avec le Parlement et le Conseil, le nouveau texte adopté définit des normes de qualité de l'eau qui prennent la forme de concentrations maximales admissibles et de valeurs moyennes annuelles. Ces normes visent à atteindre le bon état écologique des masses d'eau d'ici 2015 comme le demande la DCE mais elles ne devront être respectées que d'ici 2018.
Le texte adopté ne porte donc que sur ces 33 polluants mais les députés invitent dès à présent la Commission à faire une proposition envisageant la possibilité d'identifier 13 substances supplémentaires dont les dioxines, les PCB et le bisphénol comme des substances prioritaires ou des substances dangereuses prioritaires. La décision de classer ces 13 nouvelles substances devra être prise par la Commission en 2011 et des normes devront être définies en 2013.
Cette nouvelle directive prévoit par ailleurs que les Etats membres mettent en place en 2009 un inventaire, comprenant si possible des cartes des rejets, des émissions et des pertes de toutes les substances prioritaires ainsi que des polluants pour chaque district hydrographique y compris les concentrations de ces substances dans le sédiment et le vivant (faune et flore).
