Un ambitieux projet européen de séquençage de la flore intestinale humaine, MetaHIT, a été lancé en France, avec à la clé de nombreuses perspectives d'applications dans le domaine de l'alimentation et de la santé, notamment pour des pathologies comme la maladie de Crohn ou l'obésité. L'objectif de MetaHIT, coordonné par l'Institut national de la recherche agronomique (Inra) de Jouy-en-Josas (Yvelines), est d'étudier le génome de l'ensemble des bactéries hébergées dans l'intestin de l'homme, ou "métagénome intestinal".
La présidente de l'Inra, Marion Guillou, a souligné que son ambition était l'approche d'un "monde largement inconnu" et qui joue pourtant un rôle essentiel "dans le fonctionnement de la planète en général, et plus modestement dans le fonctionnement de l'homme". L'homme vit en association permanente avec les microbes, la plupart étant hébergés dans son tube digestif. Les cellules microbiennes qui nous tiennent compagnie sont "au moins 10 fois plus nombreuses que nos propres cellules", a indiqué Stanislav Dusko Ehrlich (Centre Inra de Jouy-en-Josas, unité Génétique microbienne), coordinateur de MetaHIT. Et le nombre de gènes qu'elles contiennent est vraisemblablement 100 fois plus grand que celui du génome humain.
MetaHIT étudiera le métagénome intestinal de 400 individus et complétera ces données par la constitution d'un "répertoire génétique", sorte de catalogue des micro-organismes intestinaux. La flore intestinale joue un rôle important dans certaines maladies comme l'obésité et les maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI), des pathologies dont la fréquence augmente, selon les chercheurs. Les données recueillies permettront d'étudier les relations entre la composition de la flore intestinale et la santé d'un individu, "les interactions entre l'hôte et le microbe", selon l'expression du Docteur Dusko Ehrlich. Les chercheurs espèrent pouvoir ainsi mieux comprendre l'apparition et l'évolution de la maladie et le mode d'action des médicaments.
Le métagénome d'une soixantaine d'individus malades sera comparé avec celui d'individus sains. Un suivi sera mis en place chez les malades pendant deux années pour étudier les variations du métagénome et leur lien avec l'évolution de la maladie.
La Fédération européenne des Associations de patients atteints de la maladie de Crohn (une MICI) s'est associée au projet. Ces nouvelles connaissances devraient aussi permettre de mieux comprendre les liens entre alimentation et santé, en caractérisant les effets des aliments et du régime alimentaire sur les populations microbiennes intestinales. Douze organismes de recherche et industriels européens ainsi qu'un institut chinois (Institut de génomique de Pékin) sont impliqués dans ce projet d'un budget de 20 millions d'euros sur 4 ans, dont une contribution de 11,4 millions d'euros de la Commission européenne. MetaHIT s'inscrit dans un projet plus vaste de décryptage du génome de l'ensemble des bactéries hébergées par le corps, dans le cadre d'un consortium international en cours de construction, le Consortium international Microbiome humain.
