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Des milliers d'ordinateurs pour former une protéine

Grâce à des dizaines de milliers d'ordinateurs individuels, une équipe de l'université californienne de Stanford a réussi à simuler la formation d'une protéine. La fonction de la protéine dépendant directement de sa forme, comprendre comment la protéine prend telle ou telle forme est très important pour les biologistes. Mais comparer les expériences en laboratoires et les simulations informatiques a toujours été difficile. Deux équipes viennent d'obtenir des résultats très intéressants, publiés cette semaine par la revue Nature dans son édition en ligne. Vijay Pande, de Standford, a mis sur pied le projet Folding@home, qui consiste à mobiliser les capacités inutilisées de milliers d'ordinateurs personnels. Pour cela, il suffit aux volontaires de télécharger un petit software, via internet, et leur ordinateur travaille sans qu'ils s'en occupent. Cette technique est déjà utilisée par le SETI pour la recherche d'intelligence extraterrestre. De son côté, Martin Gruebele, de l'université de l'Illinois, a mesuré la vitesse de formation d'une protéine à partir de 23 acides aminés, les ''briques'' de la protéine. Leur résultat, une moyenne de 7,5 microsecondes, est proche de celui de l'équipe de Pande, 8 microsecondes. La simulation a également montré qu'une protéine peut prendre plusieurs chemins pour atteindre une même forme.

Science&Avenir : http://permanent.sciencesetavenir.com/sci_20021021.OBS1673.html

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